妙法寺は、「久遠の本仏」を「ご本尊」としています。

　「久遠の本仏」とは、「無始・無終の寿命を持つ救済主」、すなわち過去にも始めがなく、未来にも終わりがない永久不変の存在であって、常に悩み苦しみもだえる人びとを教化し救済する仏様のことを指しています。そして、今から二千五百年前のインドに出現された「お釈迦様」は、この久遠の本仏の現世のお姿なのです。

　 法華経には、何億万年という思いも及ばぬ遠い昔（無始久遠）から、久遠の本仏が教化して弟子とした菩薩たち（寿量品）が、未来の伝道者として上行菩薩等を上首とする無数の菩薩たちを地中の虚空から湧き出させた（湧出品）、と説かれていますが、この法華経の教えを文字として端的に表現したものが、「大曼荼羅」であり、仏像を安置し表現したものが「一塔両尊四士」又は「三宝さま」と呼ばれるご本尊です。

本尊の形態は、本師であるシャバの上に、南無妙法蓮華経と書かれた宝塔が立ち、その宝塔の左にインドに生まれたお釈迦さま、右に多宝如来が共に合掌して座し（以上が三宝さま）、その下座に久遠の本仏の脇士（仏をたすけ、人びとを導く大士）である上行菩薩・無辺行菩薩・浄行菩薩・安立行菩薩の四菩薩が安置されています。この安置された形が「一塔（宝塔）両尊（釈迦・多宝）四士（四菩薩）像」による本尊の型です。

妙法寺では鬼子母神さまもお祀りしています。日蓮上人は法華経の行者を諸天善神は必ず守ると確信されています。その中でも法華経の陀羅尼品には特に菩薩の代表として、薬王菩薩・勇施菩薩の二菩薩（二聖）と諸尊天の代表である毘沙門天王・持国天王の二天王（二天）と十羅刹女・鬼子母神がとかれているところから二聖・二天・鬼子母神・十羅刹女を守護神としてまつります。正月に配布しております妙法寺の門札はこれを表しています。

　日蓮聖人は、鬼子母神・十羅刹女は、法華経の行者・信者を守る。行者の信念を試すため障害を加えることがある。行者の身替わりとなり、迫害するものを罰する。行者が退転すればこれを許さず罰を加えると説かれています。
　このことから妙法寺でも御祈祷するときは、霊験あらたかな鬼子母神に祈り祈願しています。